Современному музею в городе Черкесске (ранее называемом станицей Баталпашинской) предшествовал небольшой музей, который был основан краеведческим обществом в 1916 году. Основателем и первым директором музея был Михаил Петрович Петров. В 1942 году, во время оккупации, все музейные экспонаты были уничтожены захватчиками, а здание музея сожжено. В 1943 году, после освобождения, музей начал возрождаться заново в комнате частного дома по улице Ленина. На сегодняшний день музей-заповедник объединяет памятники архитектуры, культуры и истории, охраняемые государством и являющиеся памятниками федерального значения.