Музей был основан в 1919 году положенной в его основу коллекции музея Боровичского реального училища. Его первая экспозиция открылась в 1921 году. Во время Великой Отечественной войны музей был эвакуирован в Кировскую область. После войны музей был восстановлен в качестве филиала Новгородского государственного объединенного музея-заповедника.
В 90-е годы прошлого столетия экспозицию музея были добавлены новые стенды, рассказывающие об истории лагеря для военнопленных и интернированных № 270 (1942-1951 годов): фотографии лагеря, схемы лагерных кладбищ, распоряжений. Все документы получены из Государственного архива Новгородской области. Отдельный стенд посвящен Армии Крайовой. Основные фонды музея составляют 20850 единиц.
