До 1983 года музей во Владивостоке функционировал в качестве ведомственного при управлении Тихоокеанского пограничного округа. С 1983 года музей занимает здание, которое представляет собой памятник архитектуры позднего классицизма постройки 1952 года, автором проекта которого был архитектор Л. Б. Бутько. Экспозиция музея, построенная в хронологическом порядке, освещает все этапы становления тихоокеанской границы. Основной фонд музея составляют коллекции знамен, нумизматики, оружия, документов, предметов, художественных произведений.