Со времени основания в 1970 году музей освещает становление морского образования на Дальнем Востоке. Экспозиции раскрывают историю академии, развитие морского флота и морского образования с 1876 года по наши дни. В числе самых интересных экспонатов обломок мачты со славного фрегата Паллада, модели морских судов, личные вещи выдающихся капитанов и пр.