Музей при кафедре анатомии обосновался вскоре после создания в 1993 году академии физической культуры. Он содержит в своей экспозиции редкие анатомические экспонаты, изготовленные более столетия назад и хорошо сохранившиеся до наших дней. Вызывают интерес экспонаты музея, посвященные ученому-анатому П.Ф. Лесгафту, знаменитому основателю академии. В музее по фотографиям и описаниям с большой достоверностью воссоздан его мемориальный кабинет, в котором выставлены личные вещи ученого.