Нынешнее свое название и, соответственно, статус музей обрел в 2002 году. А история его начиналась с создания в 1906 году «Хранилища коллекций по этнографии инородцев Тобольского Севера» в селе Обдорск, с которого и вырос Салехард. Основателем хранилища и библиотеки был миссионер отец Иринарх, (светское имя — Иван Семенович Шемановский), который навсегда остался в доброй памяти местных жителей. За свою длинную жизнь музей претерпел множество лишений, но всегда оставался культурным центром города. Музейный фонд располагает палеонтологическими, археологическими, историческими и этнографическими экспонатами. В экспозиции можно полюбоваться также произведениями прикладного искусства и живописи, собраниями минералов и фауны северной части Западной Сибири. В библиотеке хранится около 10 тысяч редких рукописных изданий и книг.
