Музей был основан в городе Балтийске Калининградской области в 1959 году. Он занимает готическое здание постройки 1903 года, бывшее здание городского суда. В 1963 году был в основном передислоцирован в Таллинн. В 1992 году, после развала Союза, музей, посвященный славной истории Балтийского флота, вновь открылся в Балтийске (Пиллау). Его экспозиция повествует об истории Балтийского флота с его рождения (1703 год) до нынешних дней. В музее можно увидеть картинную галерею русских боевых кораблей. Среди экспонатов представлено старинное оружие, награды, документы, бюст Петра I и подлинник его Морского Устава, модели различных кораблей.