Музей занимает Патриаршие палаты и собор «Двенадцать апостолов», которые после реставрационных работ, возвративших памятникам архитектуры Кремля первоначальный облик, стали частью экспозиции музея. В нем представлены самые различные старинные предметы (оружие, украшения, книги, посуда, ткани, шитье и пр.), изготовленными русскими и иностранными мастерами, вложившими в свои изделия незаурядный талант и творческую фантазию. Восстановленный иконостас является образцом резьбы по дереву в стиле русского барокко, которое датируется второй половиной XVII века.