XI-XIII века. Материалы археологических исследований говорят о существовании на этом месте городка.
Середина XII века. Город простоял недолго: он пострадал в войне новгородских и суздальских князей.
1238 год. Был полностью уничтожен татарами. Позже Мышкин был отстроен как село.
XV-XVII века. Земли вокруг Мышкина принадлежали князьям Шуморовским, Ушатым, Юхоцким, Мезецким, Мстиславским, а позже - московскому Чудову монастырю.
1551 год. Во владениях князей Ушатых между Мышкином и Мологой были срублены стены и башни города Свияжска, затем перевезенного вниз по Волге и ставшего опорным пунктом русских войск при взятии Казани.
1777 год. По административной реформе Екатерины II Мышкин получил городской статус.
1778 год. Утвержден герб города с ярославским медведем в верхней части и мышкой в нижней.
1780 год. Город получил план застройки, предусмотренная которым квартальная структура в основном сохранилась до наших дней.
1875 год. Дворянином Федором Константиновичем Опочинины была открыта одна из первых публичных земских библиотек в Ярославской губернии,
1917 год. Опочининская библиотека была закрыта, большая часть книг уничтожена, оставшиеся книги вывезены в Рыбинск и Ярославль. Все храмы закрыты, часть из них разрушена.
1927 год. Мышкин второй раз за свою историю утратил городской статус и был превращен в село Мышкино.
1991 год. Возвращен городской статус и исконное название, возрождена знаменитая Опочинская библиотека. В старинном доме купцов Литвиновых открылся единственный в мире музей Мыши.
